כאשר מתחילים לתרגל יוגה מופיעים בעוצמה, תוך כדי התרגול, מספר מכשולים. בשגרת יומו של המתרגל, תוך כדי התרגול ותוך כדי ההתרוממות הרוחנית כתוצאה מהתרגול, מופיע המכשול הראשון. הוא מתברר כמכשול, ומופיע כבר בשלב הראשוני של תרגול היוגה, בתחום הגופני. מסיבה זו נזקק המתרגל לכוח רצון בכמויות בלתי נדלות, בכדי שיהיה מסוגל להתייצב בפני הבעיות המופיעות בדרכו לקראת האיחוד היוגי עם ה’עצמי העילאי’. כאשר אנו שוחים עם הזרם, תנועותינו נעשות ללא מאמץ. אך אם החלטנו לשחות נגד הזרם, נדרשת מאיתנו כמות אנרגיה גדולה יותר. זוהי האנרגיה המאפשרת לנו להתרומם מעל לזרם ועוזרת לאדם לא להיכנע לו.

ביוגה דארשאנה של פטנג’אלי נאמר:

"בשלב של הטראנס המדיטטבי, מופיעים המכשולים בעוצמה רבה. במצב זה חייב היוגי להיפטר מהמכשולים בהדרגה". 

אלו הם תשעת הדברים המסיחים את מודעותה של ההכרה בשלב הטראנס המדיטטיבי, תשעת הזיהומים של ההכרה: מחלה, יאוש, ספק, רשלנות, עצלות, השתוקקות להנאות החושים, תפיסה כוזבת (אשליה), אי שביעות רצון, פיזור. הכרחי, לפני תחילת תרגול היוגה, לדעת כיצד לסלק מכשולים אלו.  

1. מחלה (Vyādhi)
על-פי האיורוודה, הרפואה היוגית העתיקה, מחלה בגוף נוצרת כאשר נחלש האיזון ההדדי בין שלוש הדושות – וותא (אויר וחלל), פיתה (אש ומים) וקאפַה (מים ואדמה).
המחלה משפיעה על ההכרה בנוסף לאחד עשר החושים ואברי הפעולה (חמשת חושי הידיעה, וששת אברי הפעולה - שתי ידיים, שתי רגליים, פי הטבעת ואיבר המין). ברשימה זו מוזכרת ההכרה באופן נפרד מהגוף, מכיוון שהכוחות המנטאליים מתגייסים לעבודה כדי לסלק את המחלה כאשר היא מופיעה. ומאחר שההכרה היא גורם עיקרי בתהליך היוגה, כל הפרעה בקו פעולתה מכשיל את כל עבודת היוגה הקשורה אליה. לכן, ריכוז מנטאלי הינו דבר עליון בתהליך היוגה ולשם כך על הגוף להיות חופשי ממחלות. דבר זה אפשרי אך ורק דרך ניהול מתמיד של שגרת יום קבועה, תרגול קבוע של יוגה, ודיאטה מאוזנת של מזון סאטווי (טהור).

2. יאוש (Styāna)
ההרגשה של חוסר יכולת מנטאלית, העולה כתוצאה מדמיון של ’ניגודיות’ בין הזמן והמקום בתרגול היוגה נקראת סטיאנה (יאוש). לפיכך, לא משנה מה יהיו הנסיבות (נוחות, ידידותיות או לא) רק על ידי הפיכתן למועילות ביוגה ניתן לסלק אי טוהר מנטאלי זה.

3. ספק (Samśaya)
ידע המוביל לסתירות ולרעיונות מרובים מסוגים שונים בהכרה, נקרא ספק. במצב זה, זרמים מקבילים רבים של מחשבות מונעים מההכרה לראות את הטבע של המציאות האמיתית כפי שהיא נתפשת על ידי היוגה, את האמיתות והעצות הניתנות על ידי המורה הרוחני (גורו), את אמיתות וכתבי הקודש המתארים את גדולתה של היוגה, את פירות היוגה ואת המציאות האמיתית והאותנטיות של הטראנס המקודש שאין להסבירו במילים, המושג על ידי האיחוד היוגי הגבוה ביותר עם ה’אני’ העילאי. מחשבות כאלו, המעוררות את המצב המנטאלי הדואליסטי, נקראות סאמסאיה (ספק). הן אינן מאפשרות למתרגל היוגי להתקדם ללא הפרעה. הדרך היחידה להיפטר מהספקות, היא לראות במילותיו של המדריך הרוחני תורה אמיתית, ולפתח אמונה מוחלטת בכתבי הקודש.

4. פיזור, הזנחה ורשלנות (Pramāda)
במונחי היוגה, פיזור פירושו ’לא לרכז את כל התשוקות והמאמצים בתרגול מצב הטראנס, ולהניח להכרה לנדוד למחשבות אחרות’. רק על ידי הכחדה פעילה של פראמאדה והפניית ההכרה לחיפוש הנועם שבטראנס, יכול המתרגל להשתחרר מפיזור.

5. עצלות (Ālasya)
הדושה של הקאפַה (ליחה) בגוף, קובעת את שיעור הטאמס (דכדוך, עצבות) בנפש האדם. כאשר הקאפה מוגברת, מוחרפות התכונות הטאמסיות (חוסר סדר של הכרה, של הצד המהרהר שלה, ושל החשכה). לפיכך חשה ההכרה כבדות ועצלות. מצב זה מכונה ביוגה ’אלאסיה’ (עצלות). וכדי לשלוט בה, הכרחי לשמור על תזונה מאוזנת ושגרת יום מסודרת.

6. השתוקקות להנאות החושים (Avirati)
אדם חושני אינו יכול להרגיש נטייה לכיוון שביל היוגה. ההשתוקקות האינטנסיבית לסיפוק המושג על ידי החושים, המתעוררת כתוצאה מקרבה לאובייקטים המספקים הנאות חושיות, ושיכחה של התוצאות השליליות שמביאות הנאות חושיות אלה, נקראת ’אוויראטי’. מצב זה אינו מאפשר למתרגל לפנות פנימה, ואפילו אם הוא מנסה לפנות פנימה תוך השקעת מאמץ, הכרתו פונה שוב לאחר זמן קצר החוצה, מכיוון שהחושים משתלטים עליה ומסיטים אותה החוצה. על מנת להיפטר ממחלה זו, על המתרגל לשחרר את הכרתו מרדיפה אחר תענוגות החושים, ולהקדיש את מלוא תשומת ליבו לתרגול היוגה ולנסות להפנותה פנימה.

7. תפיסה כוזבת (Bhrānti darśana)
זהו מצב הכרה המאופיין בחשיבה המנוגדת להנחיות הרוחניות אותן מקבל השואף הרוחני, לכתבים המתייחסים ליוגה כאל אמת, ונטיה ללכת אחרי חשיבה כזו המוליכה אותנו שולל אל המצב הנקרא בהראנטי דארשאנה (תפיסה כוזבת). כדי להימנע מכך, הכרחי לפתח אמונה כבירה בהנחיות הרוחניות ובכתבי הקודש.

8. חוסר סיפוק (Alabdhabhūmikatva)
כאשר השואף הרוחני נכשל בניסיון להגיע לסמאדהי (טראנס), או כאשר הוא חווה כישלון בתוכו, מתעוררת בהכרה תחושת חוסר סיפוק, המונעת מהשואף הרוחני להתמיד ביוגה. אי שביעות רצון זו נקראת ’אלאבדהאבהומיקאטבה’. לפיכך על המתרגל להתמיד בתרגול היוגה בכדי להתגבר על מכשול זה.

9. חוסר אירגון (Anavasthitatva)
כאשר אדם המגיע לסמאדהי (טראנס), מאבד את ראיית המטרה הממשית של היוגה וסוטה מדרך האמת, הוא מכונה ’אנוויאוואסטאהיטווה’ (’מפוזר’). אדם כזה שוכח את חובות החיים שלו, מאבד את שליטתו העצמית, ומתחיל להשתמש בהישגים העל טבעיים המלווים אותו באופן שיגרתי במצב הסמאדהי (טראנס), לא למען האושר ורווחת הכלל, אלא למען אינטרסים אישיים. בכדי להתרחק ולהישמר ממחלה מנטאלית זו, יש לחרוט בתוך ההכרה את העובדה כי מטרתנו בהליכה בדרך היוגה היא המיזוג המוחלט עם הכוח העליון, וכי יש להישמר מלהילכד בפיתויים ארציים. רק מורה רוחני אמיתי יכול לסלק אי-טוהר מסוג שכזה. כתבי הקודש מסייעים גם הם בידינו, אך באופן מוגבל, ורק עד למקום מסויים. אך אם האדם מקבל ברכה שלמה ממורהו, אזי הופכת המשימה להיות פשוטה וקלה לביצוע עבור המתרגל. לפיכך, הקפדה על מילוי הנחיותיו של מורה רוחני אמיתי מוליכה להצלחה בטוחה, מכיוון שעל ידי כך מעביר המורה באופן אוטומטי, חלק מכוחו למתרגל. כלומר, ’המורה הוא אבן הפינה של המדיטציה’. מילותיו של המורה הן שמרכיבות את המנטרה, וההגשמה מתרחשת, בסופו של דבר, רק עם ברכתו של הגורו. לפיכך, לפני כל הישג, ברכתו של הגורו היא הכרחית.